Nakon 1h čupanja kose i provjere gdje je greška u najobičnijem INSERT queryu, čini se da sam naletio na bug u Pythonu i dbapi2-u za sqlite3. Problem je kod unosa podataka u tablicu (INSERT INTO). Naime, nakon inserta a prije zatvaranja connectiona potrebno je pozvati commit() metodu. Nešto kao ovo:
connection = sqlite.connect("baza.db")
cursor = connection.cursor()
...
cursor.execute("INSERT INTO tablica (stupac1) VALUES (?), "podatak")
...
neki_kod
...
connection.commit()
connection.close()

Da, ovo bi trebalo radit, ali ne radi! Problem je u tome što je commit() potrebno pozvati odmah nakon inserta. Aaaaaa. Dakle ovo:
connection = sqlite.connect("baza.db")
cursor = connection.cursor()
...
cursor.execute("INSERT INTO tablica (stupac1) VALUES (?), "podatak")
connection.commit()
...
neki_kod
...
connection.close()

Testirati ću to još detaljnije kad se naspavam :)